Kiến trúc của Bảo Tàng dựa vào ba tông ý tưởng của mỹ thuật cổ điển Trung Quốc là tranh thủy mặc bao gồm mực đặc, phi bạch và loang màu, hình thành nên một không gian thực thể là khu vực triển lãm và văn phòng cùng không gian phi thực thể là các khu vực công công như khu đón tiếp, khu tiếp nối không gian, tượng trưng cho ba nền văn hóa đa dạng và lâu đời của văn minh châu Á là Trung Quốc, Ấn Độ và Ba Tư đan xen lẫn nhau, phù hợp với tiêu chí "Bảo tàng Cố Cung phân viện Miền Nam - Bảo tàng văn hóa nghệ thuật Châu Á".

Kiến trúc bảo tàng, kỹ thuật và cảnh quan xung quanh, do kiến trúc sư Kris Yao, thuộc công ty thiết kế Artech – Inc. thiết kế, đạt cấp độ kim cương về “kiến trúc thân thiện với môi trường”; tòa nhà chính được thiết kế kết hợp với biện chống động đất cao cấp nhất, ngoài ra còn kiểm soát được cả bão lũ, hạn hán và các chức năng khác, nên được gọi là “ kiến trúc thông minh" cấp độ vàng.

Diện tích Bảo Tàng khoảng 20 ha, bao gồm các tòa nhà chính của Viện và cả các công trình liên quan khác, công trình được uỷ thác cho Sở Xây dựng của Bộ nội chính thực hiện.

Tạo hình toà nhà chính của Bảo tàng Cố Cung phân viện Miền Nam là sự đan xen giữa hai công trình chính tạo nên, như một phép ẩn dụ tượng trưng cho các linh vật "Long", "Tượng", "Mã". Nhằm phù hợp với tạo hình kiến trúc của tòa nhà chính và tiếp nối cấu trúc động của công trình, cầu cảnh quan được thiết kế theo kết cấu của lối chữ thảo trong thư pháp, sự nhịp nhàng năng động sẽ đưa khách tham quan vào tòa nhà chính, cung cấp cho khách đến tham quan cảm giác độc đáo và thoải mái nhất .

Cầu cảnh quan được bắc ngang phía nam hồ nhân tạo, đưa du khách từ Quảng trường tròn “Long Mã Tượng” đến đại sảnh lầu hai của Bảo tàng. Do khoảng cách cầu bắc qua hồ là 130m và tránh để trụ cầu sẽ ảnh hường đến hiệu quả phòng thủy của đáy hồ nên cầu được thiết kế theo mô hình không có trụ cầu, là một cầu vòm đơn dài 140m.

Nhằm đẩy nhanh tiến độ xây dựng tổng thể, ngoài việc xây dựng cơ sở hạ tầng xanh, Viện Bảo tàng cùng lúc thúc đẩy đấu thầu và quy hoạch các công trình liên quan, khuyến khích các công ty tư nhân tham gia hoạt động xây dựng, vận hành, cùng nhau thiết lập một khu vực trải nghiệm nền văn hoá Châu Á, xây dựng môi trường văn hóa giải trí chất lượng cao. Kế hoạch này không thuộc đất đô thị mà là "Đất sử dụng cho mục đích đặc biệt" phân thành 4 khu : "khu trải nghiệm văn hóa", "khu nghỉ ngơi", "khu công cộng", “khu cơ hở hạ tầng xanh” vv, diện tích khoảng 19,15 ha.